El 4 de noviembre de 2016 se publicó en el Periódico Oficial del Estado el Decreto por el que se reformó el artículo 125 de la Constitución Política del Estado Libre y Soberano de Puebla, con el objeto de instituir en su fracción VII el Sistema Estatal Anticorrupción como la instancia de coordinación entre las autoridades competentes en el Estado y en los Municipios que lo integran en la prevención, detección y sanción de responsabilidades administrativas y hechos de corrupción, así como en la fiscalización y control de recursos públicos.

El 27 de diciembre de 2016 se promulgó y publicó en el Periódico Oficial del Estado, el “Decreto del Honorable Congreso del Estado, por el que se expidió la Ley del Sistema Anticorrupción del Estado de Puebla”. De esta manera se instituyó la Secretaría Ejecutiva del Sistema Estatal Anticorrupción como un organismo descentralizado, no sectorizado, con personalidad jurídica y patrimonio propio, con autonomía técnica y de gestión, con una estructura operativa para la realización de sus atribuciones y con sede en la Ciudad de Puebla.