La Secretaría Ejecutiva del Sistema Estatal Anticorrupción es un organismo descentralizado, con personalidad jurídica y patrimonio propio, con autonomía técnica y de gestión de acuerdo a la Ley del Sistema del Sistema Anticorrupción del Estado de Puebla.
Es el órgano que provee asistencia técnica e insumos al Comité Coordinador para el desempeño de sus atribuciones; en ese sentido, es quien ejecuta y da seguimiento a los acuerdos del Comité Coordinador, además de administrar los sistemas electrónicos que éste establezca. Asimismo, realiza estudios en materia de prevención y detección de hechos de corrupción, así como de fiscalización.